Ứng dụng WGS trong ung thư: Nhận diện sớm đột biến driver quan trọng
Xét nghiệm WGS trong ung thư giúp phát hiện sớm đột biến driver, chọn đúng liệu pháp điều trị đích, cá thể hóa điều trị và nâng cao hiệu quả lâm sàng.
1. Giới thiệu
Ung thư là bệnh lý phức tạp, thường bắt nguồn từ đột biến soma – những biến đổi trong quá trình sống, không di truyền từ cha mẹ.
Trong đó, đột biến driver là các biến thể thúc đẩy tế bào ung thư phát triển, sinh sôi và di căn.
Các phương pháp như panel gen giới hạn hay WES (Whole Exome Sequencing) chỉ giải mã vùng gen mã hóa, nên có thể bỏ sót đột biến ở vùng điều hòa hoặc vùng không mã hóa.
Xét nghiệm WGS trong ung thư giúp phân tích toàn bộ bộ gen, mang đến bức tranh di truyền toàn diện để phát hiện các đột biến driver “ẩn” mà các xét nghiệm khác có thể bỏ qua.Chọc ối được chỉ định khi thai phụ thuộc nhóm nguy cơ cao, như có kết quả sàng lọc bất thường, tuổi mẹ trên 35, tiền sử sinh con dị tật, hoặc siêu âm thai có dấu hiệu nghi ngờ
2. WGS là gì & cách phát hiện đột biến driver
WGS (Whole Genome Sequencing) là xét nghiệm giải trình tự gen toàn bộ, bao gồm cả vùng mã hóa (exon) và vùng không mã hóa (non-coding) của tế bào ung thư.
Phương pháp này phát hiện nhiều loại đột biến gen liên quan ung thư, gồm:
- Biến thể điểm (SNV)
- Chèn/xóa nhỏ (indel)
- Sao chép bất thường (CNV)
- Biến đổi cấu trúc lớn (SV)
Nhờ đó, WGS giúp phân biệt đột biến driver (thúc đẩy ung thư) với các đột biến passenger (trung tính).
Một nghiên cứu tại Nhật Bản (Nature, 2023) cho thấy: WGS phát hiện được 68,4% đột biến driver mà xét nghiệm WES không xác định được, khẳng định giá trị vượt trội của WGS trong chẩn đoán ung thư.
3. Lợi ích và hạn chế khi ứng dụng WGS trong ung thư
Lợi ích:
- Độ bao phủ tốt: phát hiện đột biến driver từ tất cả các vùng DNA
- Giảm nhiều xét nghiệm riêng lẻ: tiết kiệm thời gian và chi phí
- Cung cấp thông tin toàn diện: giúp chọn liệu pháp phù hợp, ví dụ: liệu pháp miễn dịch hay thuốc đích
- Theo dõi tiến triển bệnh: giúp đánh giá hiệu quả điều trị, phát hiện tái phát sớm
Hạn chế:
- Chi phí cao hơn so với panels/WES
- Yêu cầu cao (chất lượng mẫu, tỷ lệ tế bào ung thư, sự khác biệt mô khối u và mô lành,…) ảnh hưởng lớn đến khả năng phát hiện đột biến.
- Cần hệ thống tin sinh học mạnh để phân tích dữ liệu, loại các đột biến giả, đánh giá biến thể chưa rõ ý nghĩa.
- Thời gian trả kết quả lâu hơn do dữ liệu lớn.
4. Khi nào nên dùng WGS trong ung thư
- Mẫu ung thư khối rắn hoặc mô đặc mà panels/ WES chưa phát hiện đột biến driver rõ ràng
- Khi cần hiểu rõ cơ chế tiến triển (ví dụ: thất bại điều trị, kháng thuốc)
- Khi bệnh nhân có kỳ vọng đáp ứng tốt: liệu pháp đích hoặc liệu pháp miễn dịch
- Nghi ngờ ung thư di truyền hoặc có biến thể hiếm, cần phân tích toàn bộ bộ gen.
Kết luận
WGS sử dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới NGS có khả năng phát hiện chính xác đột biến driver – yếu tố quyết định trong điều trị ung thư cá thể hóa.
Việc ứng dụng WGS trong ung thư học giúp bác sĩ xây dựng chiến lược điều trị riêng cho từng bệnh nhân, cải thiện kết quả lâm sàng và mang lại hy vọng sống lâu hơn cho người bệnh.